Re: [問題]關於bioperl:::clustalW
這邊是因為blast演算法的關係
一般序列比對 是利用dp (dynamic programming)
我們可以知道時間複雜度為O(n^2)
但 blast為了加速 他利用了生物的特性
某些排列組合的sequence不會出現
例如 ktup=3, ATT這種組合很少出現 (我亂掰的 我手邊沒資料哪種常出現)
因此 利用這特性blast可以很快的search
這也是我們需要設ktup緣故
※ 引述《plankton (我..憑什麼)》之銘言：
: : ktup是這個序列比對演算法的一個值
: : 代表相鄰字母的長度
: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
: 沒錯~~我就是看這句話不懂@_@?????...
: 不懂為什麼要設這個?什麼是字母的長度??
: 序列不都是AAACTTGCCCG這樣..一個字母的旁邊不都是有兩個字母嗎????
: ~~>_<~~好奇怪啊...
: : 我印象中沒錯的話也是要去查blast的演算法
: martix我會再去ncbi看看的...謝謝^___^
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有興趣做bioinformatic研究的請來跟隨張老師的腳步
張老師目前想往proteomics方向研究
例如分析NMR, MS/MS data
謝謝
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.73.177
※ 編輯: seagal 來自: 140.109.73.177 (10/05 13:27)
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