Re: [問題]關於bioperl:::clustalW

看板Perl作者similai (西米露)時間21年前 (2004/10/02 20:18)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《plankton (我..憑什麼)》之銘言： : 因為...沒有bioperl的版 : 所以想在這裡問問看...不知道各位熟悉perl的大大 : 能不能順便解惑...希望在這po問題..不會不太恰當^__^||| : 我希望能利用bioperl中的clustalW來做多重序列比對 : 也就是利用bioperl中的 Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw : 程式大約如下 : @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM'); : $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params); : $inputfilename = 't/data/cysprot.fa'; : $aln = $factory->align($inputfilename); : ......等 : 跑了之後 : 結果告訴我說我的參數有問題 : 也就是第一行的地方... : 經過網路的查詢之後..我發現這個範例的參數是設給protein的 : 因此我去找這個範例中的"cysprot.fa"檔>>>protein的FASTA檔<<< : 並且複製到相同的路徑下 : 但在執行的時候他仍就告訴我參數"ktuple"&"matrix"有問題 : 想請問各位大大我該如何解決... : 或者是各位有任何的多重序列比對的範例可以借我參考嗎?? : 再或者..有任何好的網站或書可以推薦我自己去看?? : ---- : 很不好意思...因為自己摸了好久...又弄不懂...找不到人問 : 所以只好到這個版來求救?希望有經驗的大大可以伸出援手..謝謝你的code應該是沒有問題，bioperl-run的模組好像呼叫執行檔都在/usr/local/bin裏下，除了它提的幾個軟體可以額外指定環境變數外 (eg. phylip, blast, genscan, eponine)，所以請check一下clustalw的執行檔是否存在 /usr/local/bin/clustalw 如果有安裝在其它目錄，做個symbolic link，簡單用bioperl-run來跑clustalw的話，我的例子是：假設我有三條sequence，放在test.faa如下： >test_1 aasdfasdfadfasdfasdfasdfasdfasdf >test_2 asdfasdfasdfasdfasdfasdfasdfasdfas >test_3 adfasdfasdfasdfasdfasdfasdfa 我就這麼寫： use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw; @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM', 'output' => 'clustalw', #指定output format 'outfile' => 'test.aln'); #指定輸出檔案，可略 $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params); $inputfilename = 'test.faa'; $aln = $factory->align($inputfilename); #為一個AlignIO，看你接著要做什麼 ..... 其實上面等於是執行： clustalw align -infile=test.faa -output=clustalw -output=clustalw -ktuple=2 -matrix=BLOSUM -outfile=test.aln 就會得到一個file叫 test.aln CLUSTAL W (1.83) multiple sequence alignment test_1 AASDFASDFA-DFASDFASDFASDFASDFASDF-- test_2 -ASDFASDFASDFASDFASDFASDFASDFASDFAS test_3 --ADFASDFASDFASDFASDFASDFASDFA----- :******* ******************* ps. 你該不會是化學系的那個學弟吧！ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 222.156.249.175 ※ 編輯: similai 來自: 222.156.249.175 (10/02 20:38)