[問題]關於bioperl:::clustalW
因為...沒有bioperl的版
所以想在這裡問問看...不知道各位熟悉perl的大大
能不能順便解惑...希望在這po問題..不會不太恰當^__^|||
我希望能利用bioperl中的clustalW來做多重序列比對
也就是利用bioperl中的 Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw
程式大約如下
@params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM');
$factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
$inputfilename = 't/data/cysprot.fa';
$aln = $factory->align($inputfilename);
......等
跑了之後
結果告訴我說我的參數有問題
也就是第一行的地方...
經過網路的查詢之後..我發現這個範例的參數是設給protein的
因此我去找這個範例中的"cysprot.fa"檔>>>protein的FASTA檔<<<
並且複製到相同的路徑下
但在執行的時候他仍就告訴我參數"ktuple"&"matrix"有問題
想請問各位大大我該如何解決...
或者是各位有任何的多重序列比對的範例可以借我參考嗎??
再或者..有任何好的網站或書可以推薦我自己去看??
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很不好意思...因為自己摸了好久...又弄不懂...找不到人問
所以只好到這個版來求救?希望有經驗的大大可以伸出援手..謝謝
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◆ From: 140.122.211.135
※ 編輯: plankton 來自: 140.122.211.135 (10/01 13:30)
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