Re: [問題]關於bioperl:::clustalW

看板Perl作者plankton (我..憑什麼)時間21年前 (2004/10/02 21:38)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《similai (西米露)》之銘言： : ※ 引述《plankton (我..憑什麼)》之銘言： : 你的code應該是沒有問題，bioperl-run的模組好像呼叫執行檔 : 都在/usr/local/bin裏下，除了它提的幾個軟體可以額外指定環境變數外 : (eg. phylip, blast, genscan, eponine)， : 所以請check一下clustalw的執行檔是否存在 /usr/local/bin/clustalw : 如果有安裝在其它目錄，做個symbolic link， : 簡單用bioperl-run來跑clustalw的話，我的例子是： : 假設我有三條sequence，放在test.faa如下： : >test_1 : aasdfasdfadfasdfasdfasdfasdfasdf : >test_2 : asdfasdfasdfasdfasdfasdfasdfasdfas : >test_3 : adfasdfasdfasdfasdfasdfasdfa : 我就這麼寫： : use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw; : @params = ('ktuple' => 2, : 'matrix' => 'BLOSUM', : 'output' => 'clustalw', #指定output format : 'outfile' => 'test.aln'); #指定輸出檔案，可略 : $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params); : $inputfilename = 'test.faa'; : $aln = $factory->align($inputfilename); #為一個AlignIO，看你接著要做什麼 : ..... : 其實上面等於是執行： : clustalw align -infile=test.faa -output=clustalw -output=clustalw -ktuple=2 : -matrix=BLOSUM -outfile=test.aln : 就會得到一個file叫 test.aln : CLUSTAL W (1.83) multiple sequence alignment : test_1 AASDFASDFA-DFASDFASDFASDFASDFASDF-- : test_2 -ASDFASDFASDFASDFASDFASDFASDFASDFAS : test_3 --ADFASDFASDFASDFASDFASDFASDFA----- : :******* ******************* : ps. 你該不會是化學系的那個學弟吧！謝謝你....我今天有試試看..寫的幾乎和你一模一樣今天有跑出一些結果了....也跟你說的差不多但是後來測試程式的時候...突然不行了我懷疑是Clustalw.pm的錯不知道我到底是怎麼弄的~~>_<~~ 現在可以跑clustalw的電腦不在身邊所以也沒辦法把錯誤訊息po上來問問各位..下次在請教你們 -- 回答你最後一個問題...我不是化學系的^___^|||| 如果你知道我id的意思大概就會猜到我是什麼系的了謝謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.122.211.135