Re: [問題]關於bioperl:::clustalW

看板Perl作者seagal (待救的小米)時間21年前 (2004/10/02 06:43)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《plankton (我..憑什麼)》之銘言： : ※ 引述《seagal (待救的小米)》之銘言： : 這位大大..首先非常謝謝你回答我的問題 : : 這是我從tutorial cut下來的 : : -------------------------------- : : use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw; : : @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM'); : : $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params); : : $ktuple = 3; : : $factory->ktuple($ktuple); # change the parameter before executing : : $seq_array_ref = \@seq_array; : : # where @seq_array is an array of Bio::Seq objects : : $aln = $factory->align($seq_array_ref); : : -------------------------------- : : 你要不要先學tutorial方式 : : 先把序列存到@seq_array : : 再去MSA? : ^^^? Multiple Sequence Alignment ClustalW就是一種MSA : 很抱歉我不知道什麼是MSA..全文是...^_^|| : 關於tutorial的方式..我大都已經用過了.. : 所以這個我也試過了^_^|||... : : 這樣最保險因為我想你也是做練習用途 : 那個....其實並不是上課練習用之類的...謝謝...對我來說非常重要 : : 另外我這邊有一些之前去國高教書的範例檔 : : 剛好就沒有clustalW : : 但有其他範例例如blast : : 都是確定可以跑的 : : 看你有沒需要拿去練習 : 好啊~~實在太感謝了...有關blast的程式都好 : 多看看說不定能找出什麼端倪..謝謝你^_^ 如果你不是練習用途的話建議你可以直接在linux下面使用ClustalW執行檔跑出結果再利用AlignIO去處理出來的結果 ex. use Bio::AlignIO; my $io = Bio::AlignIO->new(-file => "receptors.aln", -format => "clustalw" ); 因為你使用ClustalW模組他還是必須要去呼叫ClustalW執行檔的我不知道你的問題是否出在你有沒正確安裝這個執行檔而且clustalw執行方式很簡單所以我才沒有使用過bioperl的這個模組你利用外部呼叫(ex `clutalw`, system('clustalw'))去執行他以及使用ClustalW模組根據我的經驗兩種寫出來的程式碼是差不多簡單的是工作而不是練習需要就不一定要堅持用bioperl完成摟~~~ 事情做的出來就好下面貼給你blast範例有分兩個部分 1. local執行 2. under internet --------------------------------------------------- #!/usr/bin/perl use Data::Dumper; use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast; @params = ('program' => 'blastn', 'database' => 'ecoli.nt'); $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(@params); $input = Bio::Seq->new(-id =>"test query", -seq =>"AACGGGCAATATGTCTCTGTGT"); $blast_report = $factory->blastall($input); print Dumper($blast_report); while (my $sbjct = $blast_report->nextSbjct){ while (my $hsp = $sbjct->nextHSP){ print $hsp->score . " " . $hsp->subject->seq_id . "\n"; print $hsp->bits, "\n"; print $hsp->percent, "\n"; print $hsp->P, "\n"; print $hsp->match, "\n"; print $hsp->positive, "\n"; print $hsp->length, "\n"; print $hsp->querySeq, "\n"; print $hsp->sbjctSeq, "\n"; print $hsp->homologySeq, "\n"; print $hsp->query->start, "\n"; print $hsp->query->end, "\n"; print $hsp->hit->start, "\n"; print $hsp->hit->end, "\n"; print $hsp->hit->seq_id, "\n\n"; } } =head use Bio::Tools::Run::RemoteBlast; $remote_blast = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new( '-prog' => 'blastp','-data' => 'ecoli','-expect' => '1e-10' ); $r = $remote_blast->submit_blast("ecolitst.fa"); while (@rids = $remote_blast->each_rid ) { foreach $rid ( @rids ) {$rc = $remote_blast->retrieve_blast($rid);} } =cut -- http://140.109.73.177/待救的小米.mht -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.109.73.177 ※ 編輯: seagal 來自: 140.109.73.177 (10/02 06:53) ※ 編輯: seagal 來自: 140.109.73.177 (10/02 06:58)