Re: [問題]關於bioperl:::clustalW

看板Perl作者seagal (待救的小米)時間21年前 (2004/10/02 00:57)推噓0(0推 0噓 0→)

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這是我從tutorial cut下來的 -------------------------------- use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw; @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM'); $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params); $ktuple = 3; $factory->ktuple($ktuple); # change the parameter before executing $seq_array_ref = \@seq_array; # where @seq_array is an array of Bio::Seq objects $aln = $factory->align($seq_array_ref); -------------------------------- 你要不要先學tutorial方式先把序列存到@seq_array 再去MSA? 這樣最保險因為我想你也是做練習用途另外我這邊有一些之前去國高教書的範例檔剛好就沒有clustalW 但有其他範例例如blast 都是確定可以跑的看你有沒需要拿去練習 ※ 引述《plankton (我..憑什麼)》之銘言： : 因為...沒有bioperl的版 : 所以想在這裡問問看...不知道各位熟悉perl的大大 : 能不能順便解惑...希望在這po問題..不會不太恰當^__^||| : 我希望能利用bioperl中的clustalW來做多重序列比對 : 也就是利用bioperl中的 Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw : 程式大約如下 : @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM'); : $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params); : $inputfilename = 't/data/cysprot.fa'; : $aln = $factory->align($inputfilename); : ......等 : 跑了之後 : 結果告訴我說我的參數有問題 : 也就是第一行的地方... : 經過網路的查詢之後..我發現這個範例的參數是設給protein的 : 因此我去找這個範例中的"cysprot.fa"檔>>>protein的FASTA檔<<< : 並且複製到相同的路徑下 : 但在執行的時候他仍就告訴我參數"ktuple"&"matrix"有問題 : 想請問各位大大我該如何解決... : 或者是各位有任何的多重序列比對的範例可以借我參考嗎?? : 再或者..有任何好的網站或書可以推薦我自己去看?? : ---- : 很不好意思...因為自己摸了好久...又弄不懂...找不到人問 : 所以只好到這個版來求救?希望有經驗的大大可以伸出援手..謝謝 -- http://140.109.73.177/待救的小米.mht -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.109.73.177