Re: [問題]關於bioperl:::clustalW
: (刪)
: 這個我今天試過了
: 他出現的錯誤訊息是和Dumper相關...
: 好像是..我沒有Dumper這個sub吧...我沒有看的很清楚
Dumper是一個模組
應該perl default會有
: 下次我在看指細點好了..不過如果這是和Clustalw一樣要另外 安裝的話
: 可能是我沒有裝吧^_____^||||
: 謝謝這位大大提供不同的解決方法給我..
: ...嗯..不過還是很想要用ClustalW去解決
: 還有..正如之前這位大大所說的..我的Clustalw之前因該是沒有安裝好
: 今天後來就可以跑了
: 不過後來又有問題了
: 實在是不知道為什麼...??????
: document中有提及在linux下安裝完後
: http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.0.2/
: Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.html
: 有個變數要設定...再跑程式
: 對於那個變數..我也不知道要怎麼設定
台灣最近這幾年已經越來越重視bioinformatic
你要學習這類的演算法 除了上網查之外
也可以去做一些bioinformatic lab去借一些書來閱讀
例如交大的黃鎮剛老師 中研院的黃明經老師
第二種方法 你可以去上一些相關的課程
例如你門師大有生物資訊學程
中研院有生物資訊program 交大也有bioinformation研究所
有這麼多方式可以學習 相信有心的話慢慢的這些東西就可以上手了
至於blosum & ktup
blosum是一張matrix
常用的是blosum62
blast在跑的時候需要去blosum查表 詳細資料你可以上ncbi查清楚
ktup是這個序列比對演算法的一個值
代表相鄰字母的長度
我印象中沒錯的話也是要去查blast的演算法
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http://140.109.73.177/待救的小米.mht
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
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推
140.122.211.135 10/05, , 1F
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