Re: [問題]關於bioperl:::clustalW
※ 引述《seagal (待救的小米)》之銘言：
: ※ 引述《plankton (我..憑什麼)》之銘言：
: 如果你不是練習用途的話
: 建議你可以直接在linux下面使用ClustalW執行檔跑出結果
: 再利用AlignIO去處理出來的結果
: ex.
: use Bio::AlignIO;
: my $io = Bio::AlignIO->new(-file => "receptors.aln",
: -format => "clustalw" );
: 因為你使用ClustalW模組 他還是必須要去呼叫ClustalW執行檔的
: 我不知道你的問題是否出在 你有沒正確安裝這個執行檔
: 而且clustalw執行方式很簡單 所以我才沒有使用過bioperl的這個模組
: 你利用外部呼叫(ex `clutalw`, system('clustalw'))去執行他
: 以及使用ClustalW模組
謝謝...我大概懂你的意思了^___^
不過這個我還沒嘗試過
所以大概要花一點時間試試看
: 根據我的經驗 兩種寫出來的程式碼是差不多簡單的
: 是工作而不是練習需要 就不一定要堅持用bioperl完成摟~~~ 事情做的出來就好
: 下面貼給你blast範例
: 有分兩個部分
: 1. local執行
: 2. under internet
(刪)
這個我今天試過了
他出現的錯誤訊息是和Dumper相關...
好像是..我沒有Dumper這個sub吧...我沒有看的很清楚
下次我在看指細點好了..不過如果這是和Clustalw一樣要另外 安裝的話
可能是我沒有裝吧^_____^||||
謝謝這位大大提供不同的解決方法給我..
...嗯..不過還是很想要用ClustalW去解決
還有..正如之前這位大大所說的..我的Clustalw之前因該是沒有安裝好
今天後來就可以跑了
不過後來又有問題了
實在是不知道為什麼...??????
document中有提及在linux下安裝完後
http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.0.2/
Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.html
有個變數要設定...再跑程式
對於那個變數..我也不知道要怎麼設定
--
其實我對於bioperl是個非常非常新的新手..
因為需要所以才學的
像是ktuple matrix等..的設定..其實我也都不太了解那是什麼
看了英文也是翻的了中文也還是不懂
唉...所以問題可大了..只能想辦法多看點資料
所以不知道各位大大有沒有推薦的網站和書..謝謝..
--
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