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Re: [問題] while loop 不知道怎麼寫

看板R_Language作者 (討厭有好心推文後刪文者)時間7年前 (2017/04/04 17:55), 7年前編輯推噓11(11推 0噓 22→)
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大致上這樣做。 ## site 座標 location <- data.frame( site.name = c("site1", "site2", "site3"), x = c(3,1,16), row.names = 1 ) ## site 距離矩陣 dist.mat <- dist(as.matrix(location)) %>% as.matrix dist.mat ## 各site物種出現豐度 spp.dt <- data.frame( spp = c("A", "B"), site1 = c(5,4), site2 = c(0,7), site3 = c(20,2) ) library(magrittr) spp.dt[, c("site1", "site2", "site3")] %>% as.matrix %>% apply(., 1, function(y) { y[y != 0] %>% names(.) %>% combn(., 2) %>% apply(., 2, function(pair) { dist.mat[pair[1], pair[2]] }) %>% max(.) }) ※ 引述《lilian0330 (俐俐)》之銘言： : 大家好，剛開始統計軟體入門，寫過Matlab跟R : 但最近在處理資料常常不知道怎麼解決error... : [問題] : 要做物種出現的「最大距離」，例如有三個地點，在三個點之間有三個不相等的距離。 : 而物種A出現在site1跟site3，所以距離就是distance(1-3) : 物種B出現在site1,2,3，但因為2跟3比較遠，最大距離是distance(2-3) : 我目前已經做出來兩兩site之間的distance matrix : 但是我不知道用while迴圈怎麼讓R自動判斷這個物種的「最大距離」 : 資料形式 : Species｜ site1 ｜ site2 ｜ site3 ｜ max_distance : ------------------------------------------------------- : A ｜ 5 ｜ 0 ｜ 20 ｜ distance(1-3) : B ｜ 4 ｜ 7 ｜ 2 ｜ distance(2-3) : 我目前想到的邏輯是 : table[1,2]-table[1,3]!=table[1,2]｜table[1,3] : 依序做成這個物種的「所有距離」，最後再用max()選擇「最大距離」 : 想問問大家如果寫成while loop怎麼寫比較好呢? : [環境敘述]: : R version 3.3.2 (2016-10-31) : Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) : Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200) : locale: : [1] LC_COLLATE=Chinese (Traditional)_Taiwan.950 LC_CTYPE=Chinese : (Traditional)_Taiwan.950 : [3] LC_MONETARY=Chinese (Traditional)_Taiwan.950 LC_NUMERIC=C : [5] LC_TIME=Chinese (Traditional)_Taiwan.950 : attached base packages: : [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base : other attached packages: : [1] sp_1.2-4 phyloseq_1.19.1 BiocInstaller_1.24.0 : readxl_0.1.1 ggplot2_2.2.1 : [6] vegan3d_1.0-1 vegan_2.4-2 lattice_0.20-34 : permute_0.9-4 : loaded via a namespace (and not attached): : Error in x[["Version"]] : subscript out of bounds : In addition: Warning messages: : 1: In FUN(X[[i]], ...) : : DESCRIPTION file of package 'Rcpp' is missing or broken : 2: In FUN(X[[i]], ...) : : DESCRIPTION file of package 'jsonlite' is missing or broken -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 220.135.110.74 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1491299743.A.AAF.html
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04/04 21:16, , 1F
感謝！我研究一下！
04/04 21:16, 1F
推
04/04 21:46, , 2F
我跑完了可以執行，但換成原始資料後遇到一個問題
04/04 21:46, 2F
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04/04 21:46, , 3F
geodist[pair[1], pair[2]] : no 'dimnames' attribut
04/04 21:46, 3F
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04/04 21:46, , 4F
for array
04/04 21:46, 4F
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04/04 22:00, , 5F
你比較我的資料matrix和你的看是不是少了欄名或列名
04/04 22:00, 5F
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04/04 22:01, , 6F
真的解不開就直接提供你的部份資料。
04/04 22:01, 6F
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04/04 22:03, , 7F
若你可以看懂code，相信這只是個小問題，修一下即可。
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推
04/04 22:06, , 8F
我找到了，距離矩陣沒有原本的樣本名字
04/04 22:06, 8F
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04/04 22:07, , 9F
但是因為我要用經緯度算，所以使用gdistance package
04/04 22:07, 9F
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04/04 22:08, , 10F
中的spDists()，只有在輸出成csv的時候是有site的
04/04 22:08, 10F
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04/04 22:21, , 11F
那好辦，就多幫它補上即可。
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推
04/04 22:24, , 12F
謝謝你！我補上了
04/04 22:24, 12F
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04/04 22:24, , 13F
現在新的 Error in combn(., 2) : n < m
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推
04/04 22:26, , 14F
m是2，n是什麼呀?
04/04 22:26, 14F
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04/04 22:28, , 15F
你檢查是不是有某個site只有一個物種。應該是這個原因
04/04 22:28, 15F
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04/04 22:29, , 16F
有的話，這段code要修以跳脫這種例外。
04/04 22:29, 16F
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04/04 22:30, , 17F
說反了，是不是某個物種只出現在一個site。
04/04 22:30, 17F
推
04/04 22:32, , 18F
喔喔有的，大概有70%以上~
04/04 22:32, 18F
推
04/04 22:34, , 19F
這種狀況distance定義=0
04/04 22:34, 19F
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04/04 22:34, , 20F
把那些物種列都挑掉，或是改寫成if else
04/04 22:34, 20F
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04/04 22:35, , 21F
下次把這種明顯的例外一起說明，別人才能一併處理。
04/04 22:35, 21F
推
04/04 22:37, , 22F
好的> <抱歉提問的時候沒有想到這是特例...謝謝！
04/04 22:37, 22F
推
04/04 23:01, , 23F
if x = sum(x) else接原本的code?但我不確定x要改哪裡
04/04 23:01, 23F
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04/04 23:09, , 24F
我再回一個
04/04 23:09, 24F
location <- data.frame( site.name = c("site1", "site2", "site3"), x = c(3, 1, 16), row.names = 1 ) dist.mat <- dist(as.matrix(location)) %>% as.matrix dist.mat spp.dt <- data.frame( spp = c("A", "B", "C"), site1 = c(5, 4, 0), site2 = c(0, 7, 0), site3 = c(20, 2, 1) ) library(magrittr) spp.dt[, c("site1", "site2", "site3")] %>% as.matrix %>% apply(., 1, function(y) { if (sum(y >= 2)) { # 處理某 spp 只在 1 個以下 site 出現 y[y != 0] %>% names(.) %>% combn(., 2) %>% apply(., 2, function(pair) { dist.mat[pair[1], pair[2]] }) %>% max(.) } else { 0 } }) ※ 編輯: andrew43 (125.230.106.85), 04/04/2017 23:10:56 ※ 編輯: andrew43 (125.230.106.85), 04/04/2017 23:17:33
推
04/05 01:17, , 25F
阿阿不行，出現 Error in dist.mat[pair[1], pair[2]]
04/05 01:17, 25F
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04/05 01:17, , 26F
: subscript out of bounds
04/05 01:17, 26F
推
04/05 01:19, , 27F
想詢問這邊pair的功能是什麼呢?
04/05 01:19, 27F
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04/05 01:22, , 28F
你大概不懂apply怎麼用。把你一小部分資料貼出來吧。
04/05 01:22, 28F
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04/05 01:23, , 29F
再看到底是你卡在哪裡。
04/05 01:23, 29F
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04/05 01:24, , 30F
你把 dist.mat[pair[1], pair[2]] 改成 print(pair) 就
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04/05 01:24, , 31F
可以看到pair實際上是什麼。
04/05 01:24, 31F
推
04/05 01:32, , 32F
我看到pair了，但是三筆data有五個結果(site)，不太懂
04/05 01:32, 32F
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04/05 01:32, , 33F
那就是combn的結果，即所有site的兩兩組合。
04/05 01:32, 33F
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