Re: [問題] 請問要怎麼把.CEL檔的內容畫出來？

看板R_Language作者celestialgod (攸藍)時間9年前 (2015/05/16 20:33)推噓1(1推 0噓 0→)

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※ 引述《soheadsome (師大狗鼻哥)》之銘言： : [問題敘述]: : 將.cel檔（生物晶片）的內容畫成跟affymetrix .dat ImageViewer類型的圖 : 目前只知道使用affy的ReadAffy讀出內容 : 然後用image（）去畫黑白的圖片 : 但不知道要怎麼畫出跟類似附圖的內容 : http://imgur.com/6cqCCQF

: 還是有其他方式可以畫出.cel檔的內容呢？ : 附檔: : https://goo.gl/wUR1t7 我測試了一下，這樣應該是對的只是你的附圖是否對應到這個資料，我不確定你可以在levelplot加入col.regions來調整顏色 ## install affy # source("http://bioconductor.org/biocLite.R") # biocLite("affy") library(affy) mat = ReadAffy("GSM21708.CEL") dat = data.frame(intensity(mat), x = rep(1:nrow(mat), ncol(mat)), y = rep(1:ncol(mat), each=nrow(mat))) library(lattice) levelplot(GSM21708.CEL ~ x + y, dat) levelplot(log(GSM21708.CEL) ~ x + y, dat) # partial library(dplyr) dat2 = filter(dat, x <= 200, y <= 200) levelplot(GSM21708.CEL ~ x + y, dat2) # mean library(magrittr) r = 1 G = ceiling(max(dat$x)/(2*r+1)) dat3 = dat %>% mutate(group = ceiling(x/(2*r+1))) %>% transform(group = group + G*(ceiling(y/(2*r+1))-1)) %>% group_by(group) %>% summarise(int2 = mean(GSM21708.CEL)) %>% mutate(xnew = group %% G, ynew = floor(group / G)+1) levelplot(int2 ~ xnew + ynew, dat3) # similar colorkey ramp = colorRamp(c("blue", "cyan", "yellow", "orange", "red", "white")) colorkey = rgb(ramp(seq(0, 1, length = 18)), max = 255) levelplot(GSM21708.CEL ~ x + y, dat, col.regions = colorkey) levelplot(log(GSM21708.CEL) ~ x + y, dat, col.regions = colorkey) -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 123.205.27.107 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1431779583.A.564.html ※ 編輯: celestialgod (123.205.27.107), 05/16/2015 20:36:50