Re: [問題] grid生樣本避免for迴圈

看板R_Language作者celestialgod (天)時間5年前 (2019/03/27 23:56)推噓5(5推 0噓 18→)

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1. Vectorize用的mapply，其實還是迴圈，而且表現更糟 2. rt沒有辦法直接執行原PO想要的那種方式，你可以自己用Rcpp刻一個 3. 花時間查資料，有時候不如看文件或是source code來的有效 Vectorize直接看應該不難找到重點 rt可以直接看文件會看到df degrees of freedom (> 0, maybe non-integer). df = Inf is allowed. 這裡很明顯告訴你他不能用vector of degrees of freedom.... 下面我比較一下幾種做法： n <- 20 theta <- seq(0, 1, len=100) + 0.001 # add small value to avoid warning for_loop_rt <- function(n, theta) { stopifnot(length(n) == 1, abs(n - floor(n)) < 1e-8) X <- matrix(NA, n, length(theta)) for (i in seq_along(theta)) X[ , i] <- rt(n, theta[i]) return(X) } library(compiler) for_loop_rt_compiled <- cmpfun(for_loop_rt) rt_vectorized <- Vectorize(rt) library(microbenchmark) microbenchmark( sapply = sapply(theta, function(t) rt(20, 1/t)), vectorized = rt_vectorized(rep(n, length(theta)), theta, ncp = rep(0, length(theta))), for_loop = for_loop_rt(n, theta), for_loop_cmpfun = for_loop_rt_compiled(n, theta) ) # Unit: microseconds # expr min lq mean median uq max neval # sapply 556.8 576.10 597.278 584.30 594.25 1639.1 100 # vectorized 898.6 923.45 1041.179 936.45 961.45 2637.4 100 # for_loop 546.4 557.00 649.992 564.85 571.65 5844.1 100 # for_loop_cmpfun 541.9 558.65 679.358 566.45 573.85 2290.1 100 這結果，很諷刺地告訴你用Vectorize只是讓事情更糟而已XDDDDDD 然後反而用for loop最快.... 這件事情其實我有在板上談過.... matrix操作 R真的很快.... 試著相信R一下^.< ※ 引述《locka (locka)》之銘言： : 感謝 celestialgod 版主大大提點: : 以前以為 *apply 家族的函數就已經是向量化(vectorized)的寫法了 : 查了資料才發現其實底層背後還是有 for 迴圈 (覺得震撼啊...) : 試試看這樣的寫法 : theta <- seq(0,1,len=100) : df <- rep(19,len=100) : n <- rep(20,len=100) : vrt <- Vectorize(rt) : x <- vrt(n=n, df=df, ncp=1/theta) : 於是 x[,1] ... x[,100] 就是100個 n 等於20 然後對應各自 delta 值的 t 分配樣本了 : (但是不知道 df, n 的預先定義有沒有意義?) : 請版上各位高手再指點~ 謝謝大家 : ====== : 補充： : 但還是有查到 *apply function 的好處: : 1. 程式易讀性 : 2. 會 pre-allocate 向量的記憶體空間 : 2. 只影響區域變數不會改變全域變數 : ref: https://www.r-bloggers.com/vectorization-in-r-why/ : ※ 引述《ntpuisbest (阿龍)》之銘言： : : n <- 20 : : theta=seq(0,1,len=100) : : rt(n ,1/theta ) : : 如題 : : 我想要生100組，每組都是n=20的t分配樣本 : : 只是這100組的theta都不一樣 : : 我像上面那樣打只會回傳20個樣本 : : 並不是我想要的 2000個樣本請問要如何打才能要我要的結果 : : 想避免for loop : : 用loop的話我知道怎麼做 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 119.14.59.166 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1553702206.A.0CA.html ※ 編輯: celestialgod (119.14.59.166), 03/28/2019 00:10:33

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