Re: [問題] iteration growing parallel

看板R_Language作者celestialgod (攸藍)時間9年前 (2015/03/30 22:14)推噓3(3推 0噓 2→)

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※ 引述《memphis (讓你喜歡這世界~)》之銘言： : 手上有條蛋白質序列, 每個點都會突變, 遇到K, 切下來, 列出所有可能, 舉例如下 : A B1 C1 K E F1 : B2 C2 D F2 : #### result #### : A B1 C1 K : A B2 C1 K : A B1 C2 K : A B2 C2 K : A B1 C1 D F1 : A B2 C1 D F1 : A B1 C2 D F1 : A B2 C2 D F1 : .... F2 : .... : #### 問題來了 #### : 如果一直遇不到 K, 突變點一多(爬到連續20點, 2000萬種組合, 寫出檔案大小達到2.xG) : 一個CPU算到沒完 : 想把他平行化, 我已把function改成可以一點叫一次 : EX : call: function(start=1, tmp_prefix="") : out : A : call: function(start=2, tmp_prefix="A") : out : AB1 AB2 : call: function(start=3, tmp_prefix=c("AB1", "AB2")) : out : AB1C1 AB2C1 AB1C2 AB2C2 : 由以上可見, 如果n點後來個1000萬的out, 就要卡住了 : 所以我想100萬就拆開, 讓不同的CPU去算 : 1.請問大家知不知道一些比較方便的package 可以讓我開cpu, 指定哪個cpu算那些input : 2.parallel 那種 cl=socket(n), apply 好像不能讓我指定, 應該是行不通 : 3.RMPI又太兇狠了...太久沒有寫...連環境都還沒有設定好 : 4.抱歉沒有sample code 可以跑, 所以大家如果有什麼概念用sudo code 我就很感激了花了一點時間寫成Rcpp 我認為這樣的做法快又有效。 ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 36.225.214.51 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1427724883.A.3FD.html

推

memphis

03/30 22:31, , 1^F

03/30 22:31, 1^F

code連結：http://pastebin.com/JfFSYcuj (比較友好的介面) 另外，提醒一件事，combns_f算出來的result是int，所以很省記憶體你如果轉成character matrix，該矩陣所使用的記憶體會多整數一倍。

推

memphis

03/31 00:56, , 2^F

03/31 00:56, 2^F

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memphis

03/31 00:57, , 3^F