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討論串[問題]關於bioperl:::clustalW

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Re: [問題]關於bioperl:::clustalW

推噓1(1推 )留言3則，0人參與作者seagal (待救的小米)時間21年前 (2004/10/02 21:14)資訊

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你門是師大什麼系啊?. 為什麼會做bioinformatic呢?. 再多加一行. --. http://140.109.73.177/待救的小米.mht. --. ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc). ◆ From: 140.109.73.177.

Re: [問題]關於bioperl:::clustalW

推噓0(0推 )留言0則，0人參與作者similai (西米露)時間21年前 (2004/10/02 20:18)資訊

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你的code應該是沒有問題，bioperl-run的模組好像呼叫執行檔. 都在/usr/local/bin裏下，除了它提的幾個軟體可以額外指定環境變數外. (eg. phylip, blast, genscan, eponine)，. 所以請check一下clustalw的執行檔是否存在 /usr/

(還有996個字)

Re: [問題]關於bioperl:::clustalW

推噓0(0推 )留言0則，0人參與作者seagal (待救的小米)時間21年前 (2004/10/02 06:43)資訊

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Multiple Sequence Alignment. ClustalW就是一種MSA如果你不是練習用途的話. 建議你可以直接在linux下面使用ClustalW執行檔跑出結果. 再利用AlignIO去處理出來的結果. ex.. use Bio::AlignIO;. my $io = Bio::A

(還有1950個字)

Re: [問題]關於bioperl:::clustalW

推噓0(0推 )留言0則，0人參與作者plankton (我..憑什麼)時間21年前 (2004/10/02 02:21)資訊

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這位大大..首先非常謝謝你回答我的問題. ^^^?. 很抱歉我不知道什麼是MSA..全文是...^_^||. 關於tutorial的方式..我大都已經用過了... 所以這個我也試過了^_^|||.... 那個....其實並不是上課練習用之類的...謝謝...對我來說非常重要. 好啊~~實在太感謝了.

Re: [問題]關於bioperl:::clustalW

推噓0(0推 )留言0則，0人參與作者seagal (待救的小米)時間21年前 (2004/10/02 00:57)資訊

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這是我從tutorial cut下來的. --------------------------------. use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;. @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM');. $f

(還有374個字)

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