[問題] 如何求出一萬個相關係數，並存檔

看板R_Language作者jezi1878 (小天使)時間4年前 (2020/06/16 01:31)推噓0(0推 0噓 4→)

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[問題類型]: 程式諮詢(我想用R 做某件事情，但是我不知道要怎麼用R 寫出來) [軟體熟悉度]: 入門(寫過其他程式，只是對語法不熟悉) [問題敘述]: 假設我在NCBI下載一組公開資料如下圖所示 https://i.imgur.com/gnlScqk.png

我想以紅色row為標準，與其他gene跑 pearson r 想要最後呈現結果如下圖，可以存檔起來 https://i.imgur.com/uCglqtf.png

單跑一個pearson r 沒有問題但是要一次跑1萬個相關，並可依想要格式存檔起來我就卡住了。我知道可以跑迴圈，或是用apply來跑，但是總是寫不出來。只好求助各位幫忙指點迷津 [程式範例]: GSE97300 <- readRDS("D:/my_data.rds") gene_name <- GSE97300$ID_REF Top_gene<- as.numeric(GSE97300[1,-1]) test_gene<-as.numeric(GSE97300[i,-1]) pearson_R<-cor.test(Top_gene, test_gene, alternative = "two.sided", method = "pearson", exact = NULL, conf.level = 0.95, continuity = FALSE) [環境敘述]: 請提供 sessionInfo() 的輸出結果，裡面含有所有你使用的作業系統、R 的版本和套件版本資訊， R version 4.0.0 (2020-04-24) -- "Arbor Day" Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) [關鍵字]: 迴圈、Apply -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 49.216.87.230 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1592242268.A.CF4.html