[問題] RMySQL 無法連線

看板R_Language作者 (Neisseria)時間10年前 (2015/11/27 14:41), 10年前編輯推噓1(105)
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[問題類型]: 程式諮詢(我想用R 做某件事情,但是我不知道要怎麼用R 寫出來) [軟體熟悉度]: 入門(寫過其他程式,只是對語法不熟悉) [問題敘述]: OS: Debian GNU/Linux Jessie (8.0) MySQL 版本:MariaDB 10.0.22 我想用 R 連接到 MySQL 資料庫,卻出現以下錯誤訊息: Failed to connect to database: Error: Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock' 已排除資料庫端的問題,我自已用 MariaDB 的 jdbc driver 可以連線 另外,我在自已的系統內,找不到 mysql.sock 這個檔案 要透過其他的 package 來連線? [程式範例]: library('RMySQL') envValue <- Sys.getenv(c("MIRNA_DB_USERNAME", "MIRNA_DB_PASSWORD", "MIRNA_DB", "MIRNA_DB_HOST")) mydb <- dbConnect(RMySQL::MySQL(), user=envValue['MIRNA_DB_USERNAME'], password=envValue['MIRNA_DB_PASSWORD'], dbname=envValue['MIRNA_DB'], host=envValue['MIRNA_DB_HOST']) [環境敘述]: R version 3.2.2 (2015-08-14) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) Running under: Debian GNU/Linux 8 (jessie) locale: [1] LC_CTYPE=zh_TW.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=zh_TW.UTF-8 [4] LC_COLLATE=zh_TW.UTF-8 LC_MONETARY=zh_TW.UTF-8 LC_MESSAGES=zh_TW.UTF-8 [7] LC_PAPER=zh_TW.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=zh_TW.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] RMySQL_0.10.7 DBI_0.3.1 loaded via a namespace (and not attached): [1] tools_3.2.2 [關鍵字]: MySQL -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 203.71.94.1 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1448606499.A.507.html ※ 編輯: Neisseria (203.71.94.1), 11/27/2015 14:43:30

11/27 14:56, , 1F
請附上錯誤訊息
11/27 14:56, 1F

11/27 15:52, , 2F
歐,我看到了。不過也沒遇過。幾個經驗:
11/27 15:52, 2F

11/27 15:53, , 3F
1. 檢查一下/tmp的權限問題 2. 檢查/tmp的硬碟有沒有滿
11/27 15:53, 3F

11/27 15:54, , 4F
3. RMySQL應該是用C的library來作連線,所以jdbc測不准
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11/27 15:54, , 5F
不然你就用RJDBC也可以
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12/01 13:04, , 6F
RODBC 這包應該可以 資料庫跟程式都在同一部機器上
12/01 13:04, 6F
文章代碼(AID): #1ML_iZK7 (R_Language)
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