[問題] bioinformatics, XStringset格式

看板R_Language作者cb1040 (Absurde.Y)時間10年前 (2015/11/09 17:12)推噓2(2推 0噓 6→)

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[程式諮詢] Bioinformatics的XStringset格式轉換 [入門] 2010修課玩過VBA，不過之後就沒了直到今日，也算新手吧此版首po,請前輩們指教 [問題敘述]: 小弟我剛踏入bioinformatics，用Bioinfomatics with R cookbook 自學中在MSA, Multiple Sequence Alignment部分，使用下面這個package時卡關了 muscle, (multiple sequence comparison by log-expectation) 我的問題是: 如何轉換XStringset格式，且是多筆資料轉換 (有查詢Biostrings 中AAString功能，但仍不知道如何使用) [程式範例] 這是原書步驟 http://imgur.com/eFWyDjk

http://imgur.com/94zPqQQ

這是會用到的fasta檔案 http://tinyurl.com/q6kjpru 以下是我的內容 pastie版 (第一次使用，還不熟，請見諒) http://pastie.org/10540288 自己截圖版 http://imgur.com/ecLpoF1

http://imgur.com/4BqdEng

http://imgur.com/rT9PEqr

(後面是其他物種的序列，共十種，我就不貼了) http://imgur.com/0WvRNXJ

因為教材有點年份，code有些出入例如install.packages("muscle")會找不到東西或是沒有muscle::read.fasta這個功能這裏再說一次我的問題有查詢Biostrings 中 XStringset、AAString功能，但仍不會使用想請問: 如何將多筆資料轉換成XStringset格式 [環境敘述]: 直接截圖 http://imgur.com/u42f95X

[關鍵字]: R, muscle, Biostrings, multiple sequence alignment, XStringset -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.109.125.195 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/R_Language/M.1447060378.A.A30.html ※ 編輯: cb1040 (140.109.125.195), 11/09/2015 17:46:42

推

Godkin

11/09 23:57, , 1^F

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Godkin

11/09 23:58, , 2^F

11/09 23:58, 2^F

我用source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("muscle") library(muscle) 這樣應該是從bioc那裡安裝最新版吧 (我看到版本都是3.12.0)

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Godkin

11/10 00:00, , 3^F