[問題] 之前問過的程式加了新條件~~
#!/usr/bin/perl
#serch and find what I want
use strict;
my $content;
my $accession;
my $REPORT_FILE = "report.txt";
my $fasta_file = $ARGV[0] || 'gbvrl1.seq';
unless ( -e $fasta_file ) {
die "$0: ERROR: missing file: $fasta_file";
}
open( IN, $fasta_file ) or die "$0: ERROR: $fasta_file: $!";
while (<IN>) {
$content .= $_;
$accession = $1 if ( $_ =~ /^ACCESSION\s+(\S+)/ );
if ( $_ =~ /^\/\// ) {
open OUT, "> $accession";
print OUT $content;
close OUT;
$content = undef;
}
}
/////////////////////////////////////
上面是小弟之前問過的問題~~
就是在每個"//"為結尾的檔案做切割輸出
後來因為這樣輸出後檔案太多了，一個gbvrl1.seq就可以輸出7萬多筆
如此一來我若是先輸出再把我要的檔案去grep出來就太費時了
所以我想說能在文件檔中"ORGANISM"欄位裡有提及的名稱如"Enterovirus"等
才作輸出如此一來就可以節省不少時間了
請問有比較好的做法嗎~~THX
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 163.25.118.131
→
10/24 01:58, , 1F
10/24 01:58, 1F
討論串 (同標題文章)
以下文章回應了本文：
完整討論串 (本文為第 1 之 5 篇)：
Perl 近期熱門文章
PTT數位生活區 即時熱門文章
