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[ Perl ]
討論串[問題] 之前問過的程式加了新條件~~
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上面是小弟之前問過的問題~~. 就是在每個"//"為結尾的檔案做切割輸出. 後來因為這樣輸出後檔案太多了，一個gbvrl1.seq就可以輸出7萬多筆. 如此一來我若是先輸出再把我要的檔案去grep出來就太費時了. 所以我想說能在文件檔中"ORGANISM"欄位裡有提及的名稱如"Enterovirus
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忘了說.... 搜尋所有 GenBank 的 Viral sequence entries. ORGANISM 包含 Enterovirus. > time perl -w Enterovirus.pl. real 3m55.569s. user 0m0.108s. sys 0m0.144s. En
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我記得上次我也有回過你了.... 對於解析序列檔案.... 我認為塞進資料是最好的作法.... 不過以在生資所兩年...生資公司快一年的經驗來說.... 寫個 power script 就可以對 NCBI 做查詢.... 並把查詢的結果以 FASTA 的格式傳回.... 才是節省時間...較有效率的
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#!/usr/bin/perl. #serch and find what I want. use strict;. my $content;. my $accession;. my $REPORT_FILE = "report.txt";. my $fasta_file = $ARGV[0] ||
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