[問題] 如何下 statics-regression 的參數
因為有 700x20000 以上的資料需要作 regression
資料格式是 .csv 檔
expression,Ctcf_0,H2az_0, ...
1.639966339,0,13.08689976, ...
0.278085646,16.25440025,12.86340046, ...
-1.070784985,0,23.0781002, ...
0.790170416,0,12.53590012, ...
-1.837946653,0,14.08780003, ...
...
因此沒辦法用作者的範例方法，一個一個 key 進去
後來看了 package 內發現可以用 array 的方式丟參數
my $reg = Statistics::Regression->new($regname, \@var_names)
不過怎麼測試都測不出來要怎麼放參數
以下是我試著寫的 code
#!/usr/bin/perl -w
use Statistics::Regression;
my $reg = Statistics::Regression->new($expr_data, \@genename);
open training, "training.csv";
$genename = <training>;
chomp $genename;
@genename = split /,/, $genename; # 1st row is gene's name
$expr = shift @genename; #1st data is sample expression
unshift @genename, "const"; #put const column in array
while (<training>){
chomp;
@train = split /,/, $_;
$expr_data = shift @train;
unshift @train, 1.0;
my $reg->include( $expr_data, \@train );
}
$reg->print();
close(training);
感謝大家指點
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◆ From: 140.120.203.103
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