[請益] 打開檔案作樣式比對
冒昧問一個問題 由於小弟是新手中的新手 太笨的話各位別生氣 Q_Q
目前我寫出一個比對用的script
才再測試階段 但是不管怎麼比對都....orz
$File = $ARGV[0];
open( FHD, $File ) || die "$!\n"; #打開檔案為唯讀型式
foreach $line (<FHD>) {
if( $line =~ m/"Mycoplasma pneumoniae M129"\i/ ) {
#對打開的檔案內容和 Mycoplasma pneumoniae M129 進行比對
print "bingo";
}
else {
print "fuck";
}
}
#比對成功則印出bingo 不然就fuck
我輸入的檔案長的是這樣子:
Query= gi|12045217|ref|NP_073028.1| acetate/propionate kinase
[Mycoplasma genitalium G37]
(393 letters)
Database: refseq_gn
1,370,603 sequences; 432,705,335 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
acetate/propionate kinase [Mycoplasma pneumoniae M129] 600 e-170
acetate/propionate kinase [Mycoplasma gallisepticum R] 425 e-118
acetate/propionate kinase [Mycoplasma penetrans HF-2] 356 3e-097
acetate kinase [Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC str. PG1] 316 3e-085
acetate kinase [Mesoplasma florum L1] 315 8e-085
.
.
.
.
我原本預計會出現bingo的....但是卻.......一直fuck....orz
實在找不差哪裡錯的 應該是我的腦子吧orz
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