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Re: 有人在用openMP嗎

看板Programming作者 (陳揚和)時間17年前 (2009/07/23 11:55), 編輯推噓0(0推 0噓 7→)
留言7則, 3人參與, 最新討論串2/3 (看更多)
自問自答一下 確實只要在counter之前加上 #programa omp critical 但是不幸的是 parallel後的時間 居然是三倍 我想數數的時間很快 parallel後的要併行的還要處理critical region.. 消耗實在太大了.. 所以反而浪費時間 ※ 引述《sorryChen (陳揚和)》之銘言： : 用OpenMP 來平行計算 而且使用共同的記憶體 : 常常只要在for loop前加小小的一行 就可以併行 : 有人知道他的critical region 要怎麼標明嗎 : 我的實際問題是我有一個字串 (DNA actually) 我想算在上面固定長度的子字串 : 的各種pattern出現幾次 (比如說AAA AAC AAG.... 幾種pattern) : 由於counter 是共用的 : 那就在counter[]++前寫#pragma omp critical.. : 這樣可能 也快不到哪去 是嗎? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 128.125.87.33
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07/23 17:51, , 1F
你應該要個別計錄完最後再合併結果到
07/23 17:51, 1F
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07/23 17:52, , 2F
counter後會好很多 而不應該在計算當中去同
07/23 17:52, 2F
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07/23 17:52, , 3F
步化
07/23 17:52, 3F
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07/23 21:59, , 4F
counter++ 這種可以用 atomic 試試看
07/23 21:59, 4F
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07/24 12:38, , 5F
但我的counter很多很大 64M個counters
07/24 12:38, 5F
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07/24 12:39, , 6F
所以分開也不是好方法..
07/24 12:39, 6F
※ 編輯: sorryChen 來自: 128.125.87.33 (07/24 12:52)
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07/24 13:16, , 7F
atomic確實還不錯 16個cpu快5倍
07/24 13:16, 7F
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