Re: [問題] 新手想問個例題...

看板Perl作者 ( Play ball !!)時間18年前 (2007/06/07 14:00), 編輯推噓2(205)
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※ 引述《aminoacids (胺基酸)》之銘言: : 打擾了..... : 假設是在某檔案 % new < Genome10.fasta 執行下 : > gi|10795382|gb|DV732100.1|DV752100 102s Arabid.......英文 其後為AGTC序列 : ---------- : 問一 只想得到虛線部分 : 問二 只想得到102d以後開始部分 (不包括DNA序列) : while (<STDIN>) { : if : 後面要怎麼表示才能得到所求呢 : 新手 第一次問問題 還請多多包含 m (_ _) m @splistr = split /gb\||\|/, $line; print @splistr[1]; 看起來你也是為了fasta而傷神的bioinformatist -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.114.96.144

06/07 17:58, , 1F
這個regexp會抓出10795382吧
06/07 17:58, 1F

06/09 14:04, , 2F
不會ㄚ
06/09 14:04, 2F

06/09 14:05, , 3F
寫成split /gi\||\|/, $line; 才會吧
06/09 14:05, 3F

06/09 14:05, , 4F
不過我不確定那個".1"能不能如期取出就是了
06/09 14:05, 4F

06/11 04:32, , 5F
以gb\|或\|當作分隔來切 那就會變成 "gi" "10795382"
06/11 04:32, 5F

06/11 04:33, , 6F
index為1 就是10795382啊 你要不要試試看啊?
06/11 04:33, 6F

06/11 04:35, , 7F
不過我覺得fasta file還是用Bio::SeqIO比較快些 比較方便
06/11 04:35, 7F
文章代碼(AID): #16Pvxdu7 (Perl)
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