Re: [菜單] Gaussian 09理論計算 35K已回收

看板PC_Shopping (個人電腦購買)作者touyalin (叭噗人)時間13年前 (2013/04/10 21:32)推噓9(9推 0噓 5→)

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※ 引述《stupidfox (笨鮪魚)》之銘言： : 預定購買處：台中 : 已買/未買/已付訂金（元）：未買 : 預算：35k : 用途：Gaussian 09理論計算 : CPU (中央處理器)：Intel Core i7-3820 $9,450 : MB (主機板)： : RAM (記憶體)：金士頓 DDR3-1600 8G(四條) $1650 *4 =6600 : (八條也可) $1650*8 =13200 : VGA (顯示卡)：沿用技嘉7770 : HDD (硬碟)：W.D-1TB 7200轉 SATAIII (raid 0) $2500*2 =5000 : DVD-RW (燒錄機)：沿用 : PSU (電源供應器)：沿用多的x560 : CHASSIS (機殼)：CM 690 II advance : MONITOR (螢幕)：沿用 : 總價 (未稅/含稅)：21050 : 問題一：不知道用哪張主機板= =" asus p9x79 最便宜那張即可 : 問題二：理論計算用的ram需要那麼大嗎?? 看你計算使用的 method / basis set 大小及 model 中原子的數量除非你所模擬的 model 有辦法用 incore 跑 (所有積分值都放在記憶體中, 不寫入到 rwf 檔), 不然 SSD 所縮短計算時間效益大於增加 ram 的效益... : 問題三：Gaussian很吃I/O，但是計算出來的檔案容量很大， : 所以我選擇HDD RAID 0而不是SSD 為何不用 SSD + raid 0 ? 以 glycine + 8 h2o 的 model 來說, 跑一個 CCSD(T)/6-311++G**　level 下的 single point, 用 128GB SSD*2 (raid 0) 在 i5-3470 下要跑 16 天, rwf 檔案大小約 170 GB, 1UAO (pdb code, 140 個 atom, 以 H, C, N, O 為主) 在 B3LYP/6-31G** 下跑 freq. 約三天左右, rwf 檔案約 148 GB, 而原本用 500 GB HDD*3 (raid0) 的機器上要跑 7 天, 目前跑過最久的 job 是 C256 的 carbon nanotube 在 B3LYP/6-31G* 下的 freq. 一次要跑 3 個月, 500GB*6 (在 LSI raid 卡上組建的 raid 0) rwf 檔案... 因為實在跑太久, 沒時間去注意最大檔案大小.. 不過以 SSD 組建 raid 0 仍然有缺點!! 用力操的話, 大約半年要送修一顆 SSD... 目前遇到的狀況都是計算到途中 raid 會變成 read only, job 會被迫中斷... 在補充一下, 中斷後, 有些可以 restart 的計算, 把 checkpoint file (*.chk) copy 回來再重新執行 g09 就可以接續下去未完成的 job. (當然 input file 的 keyword 也要修正成從 chk 檔讀取才行) 最重要的一點, 千萬不要在 SSD 做 raid 0 上安裝 OS!!! SSD 做 raid 0 只是單純加速寫入跟讀取 rwf 檔的功用... 以上淺見供您參考 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 114.41.254.98