[問題] 執行效率

看板Perl作者chong (CW)時間11年前 (2014/03/28 17:09)推噓4(4推 0噓 7→)

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請問各位，我現在有一筆約10萬筆基因序列的資料，部分內容如下： >Locus_41_Transcript_1/7_Confidence_0.385_Length_892 >Locus_41_Transcript_2/7_Confidence_0.385_Length_920 >Locus_41_Transcript_3/7_Confidence_0.577_Length_1466 >Locus_41_Transcript_4/7_Confidence_0.577_Length_1431 >Locus_41_Transcript_5/7_Confidence_0.538_Length_1359 >Locus_41_Transcript_6/7_Confidence_0.577_Length_1431 >Locus_41_Transcript_7/7_Confidence_0.577_Length_1431 >Locus_42_Transcript_1/1_Confidence_1.000_Length_2058 >Locus_43_Transcript_1/10_Confidence_0.312_Length_1094 >Locus_43_Transcript_2/10_Confidence_0.469_Length_1565 以locus_41為例，它有7筆資料，最後的數字是該序列的長度，像這樣的資料，我只要取長度最大的一筆。若是locus_42，因為只有一筆，所以不用取捨，直接使用。我寫的程式碼如下： #!/usr/bin/env -perl -w use Bio::DB::Fasta; open my $query, "<", $ARGV[0] or die "$!"; my (%query_hash, %whole); while (my $line = <$query>) { chomp ($line); if ($line =~ /^>/) { my @line = split (/_/, $line); my $name = substr($line[0], 1)."_$line[1]"; $whole{substr($line, 1)} = "$name $line[7]"; #把所有內容皆讀入hash。 if (! exists $query_hash{$name}) { $query_hash{$name} = $line[7]; } elsif ($query_hash{$name} <= $line[7]) { $query_hash{$name} = $line[7]; #保留數字最大的一筆 } } } close $query; my $db = Bio::DB::Fasta->new($ARGV[1]); my @query_hash_result; foreach my $result (keys %query_hash) { my $query_whole = "$result $query_hash{$result}"; while (my ($key, $value) = each (%whole)) { if ($value eq $query_whole) { #重新取得完整的標題，用以取得DNA序列資料。 my $query_fasta = $db->get_Seq_by_id($key); my $query_seq = $query_fasta->seq; print ">$query_fasta\n"; print "$query_seq\n"; } } } 現在遇到的狀況是，如果我只執行上半部的程式碼，即把標題資料讀入hash，沒什麼問題，不會用很多時間。在%query_hash裡，大約會取得7萬筆資料。而%whole裡，大約有14萬筆資料。但，當我把2個hash放在一起比較，要取回完整的標題時，整個執行的速度慢了相當多！請問是不是我寫的程式碼裡有問題？應該要怎麼修改會比較好？謝謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.116.25.64 ※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/Perl/M.1395997757.A.123.html