[問題] bioperl的問題
我寫了一個script 就是從NCBI上把DNA sequence抓回來，利用我手上有的accession#
抓下來的sequence分別要存成txt檔和放進MySQL
但是發生很詭異的事情...就是我如果在linux執行一切都ok
但是如果是在windows下跑的話txt檔變成空空如也...但是MySQL的寫入都沒問題
可以麻煩各位高手幫我看看是怎麼回事嗎?還是單純是activeperl的bug?
程式如下:
use DBI;
$dbh = DBI->connect('dbi:mysql:database=excel', 'user', 'password');
use Bio::Seq;
use Bio::DB::GenBank;
$db_obj = Bio::DB::GenBank->new;
open FH, "new_acc.txt";
open OUT, ">>new_acc_seq.txt";
LINE:
while (<FH>)
{
chomp;
$seq_obj = $db_obj->get_Seq_by_acc($_);
$seq = $seq_obj->seq;
print OUT $_, "\t", $seq, "\n";
$sql = "INSERT INTO all_acc VALUES ('$_', '$seq')";
$dbh->do($sql);
}
close OUT;
close FH;
$dbh->disconnect;
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.40.71
推
05/03 21:58, , 1F
05/03 21:58, 1F
推
05/04 00:49, , 2F
05/04 00:49, 2F
→
05/04 00:50, , 3F
05/04 00:50, 3F
→
05/04 00:51, , 4F
05/04 00:51, 4F
Perl 近期熱門文章
PTT數位生活區 即時熱門文章
