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[問題] CentOS fortran平行計算問題

看板Linux作者 (ryan)時間2年前 (2022/03/23 22:27), 編輯推噓2(2推 0噓 16→)
留言18則, 5人參與, 2年前最新討論串1/1
https://www.slothparadise.com/running-mpi-common-mpi-troubleshooting-problems/ https://i.imgur.com/pKWdhds.jpg
也遇到這個網站貼一個問題 已經照他的建議操作 但是還是有一樣的error 我懷疑是library沒辦法在各個nodes 共用 想請問有人有類似經驗 很需要幫忙 謝謝 可以再私訊詳述問題 麻煩了 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 114.43.159.108 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Linux/M.1648045641.A.617.html
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03/23 22:31, 2年前 , 1F
總共有6個nodes 但是只能利用其中一個 也就是指令只能
03/23 22:31, 1F
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03/23 22:31, 2年前 , 2F
是#PBS -l nodes=1:ppn=40 最多
03/23 22:31, 2F
推
03/23 23:02, 2年前 , 3F
每個節點彼此都要能免密碼登入，這點確定了嗎?
03/23 23:02, 3F
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03/24 00:13, 2年前 , 4F
有的 感謝提醒 還有什麼要注意的嗎
03/24 00:13, 4F
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03/24 00:22, 2年前 , 5F
每個節點防火牆、selinux都關掉，可以輸出PBS的log
03/24 00:22, 5F
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03/24 00:25, 2年前 , 6F
可以試試看在每個節點跑mpirun確認是不是submit問題
03/24 00:25, 6F
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03/24 00:28, 2年前 , 7F
再來把.ssh/known_hosts節點清掉排除hosts key問題
03/24 00:28, 7F
推
03/25 01:28, 2年前 , 8F
沒有 InfiniBand 多節點也只是無用的技術。
03/25 01:28, 8F
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03/25 01:30, 2年前 , 9F
跨節點建議 /home 及 /opt 用 NFS 分享，ssh key放/home
03/25 01:30, 9F
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03/25 01:34, 2年前 , 10F
另外建議用 PIC 編譯所有的程式碼。
03/25 01:34, 10F
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03/25 16:46, 2年前 , 11F
因為 PIC 會影響分支預測的準確率。
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03/25 18:59, 2年前 , 12F
一般建立mpi時，會用nis在每個節點建立相同的使用者
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03/25 18:59, 2年前 , 13F
代號。若要用ssh方式，要使用ssh_keygen做出金鑰對放
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03/25 18:59, 2年前 , 14F
到各節點
03/25 18:59, 14F
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03/26 10:46, 2年前 , 15F
其實nis+nfs共享home就不用每個節點丟key了
03/26 10:46, 15F
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03/26 10:46, 2年前 , 16F
放到head node自己的auth key就每個節點通用
03/26 10:46, 16F
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03/26 10:46, 2年前 , 17F
不然很多台每個使用者每台都要做一次真的累
03/26 10:46, 17F
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03/26 10:48, 2年前 , 18F
但就是平行時比較吃網路
03/26 10:48, 18F
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